Nguyên nhân của cuộc xung đột bắt đầu từ sau cuộc kháng chiến chống quân Nguyên Mông thắng lợi trong thế kỷ 13. Liên minh chống triều đại nhà Nguyên đã đưa Đại Việt và Chăm Pa, vốn thù địch, xích lại gần nhau.[6][7] Năm 1306, nhà Trần gả công chúa Huyền Trân cho vua Chế Mân của Chiêm Thành.[8][9] Chế Mân nhượng hai châu Ô và Lý [note 1] cho Đại Việt làm quà cưới.[10][11] Nhà Trần đổi tên hai vùng đất này thành Hóa Châu và Thuận Châu.[12] Năm 1307, Chế Mân qua đời, theo tục lệ Chiêm Thành thì Huyền Trân phải bị hỏa thiêu để táng theo.[6][note 2] Vua Trần Anh Tông sai Trần Khắc Chung mượn tiếng thăm viếng và dùng kế đưa Huyền Trân về nước. Điều này được coi là một nỗi ô nhục đối với Chiêm Thành.[14]

Tuy nhiên, một số người đời sau cho rằng câu chuyện này có phần thêu dệt, chuyện nêu lý do công chúa phải lên giàn hỏa chỉ là "lời đồn đại có chủ ý của các nhân vật bất đồng quan điểm với nhà Trần và chống đối với cuộc hôn nhân mang tính dị tộc, những nhà Nho mới nổi". Bên cạnh những đối lập đáng ngờ trong sử sách, sử ký Chiêm Thành và tất cả thư tịch cổ bàn về nghi lễ hỏa táng đều không nhắc đến tục lệ này của người Chiêm, chưa chắc đã có tục lệ như thế. Cho dù có tục lệ đó đi nữa, thì việc hỏa táng phải tổ chức sớm sau khi chết, vì khí hậu nhiệt đới không cho phép bảo quản thi hài được lâu hơn, đến khi tin đưa về Đại Việt và dù Trần Khắc Chung có lên tàu sang ngay cũng không thể nào kịp, trong điều kiện giao thông thời đó.[15]

Sau này, con trai của Chế Mân, Chế Chí không phục nhà Trần, có ý đòi lại đất Ô Rí đã dâng. Năm 1311, Trần Anh Tông mang đại quân đi đánh Chiêm. Đến trại Câu Chiêm thì dụ Chế Chí ra hàng. Chế Chí biết mình thế yếu bèn theo đường biển ra hàng. Nhà vua tuy phong Chế Chí làm vương nhưng bắt về giam lỏng ở Gia Lâm, đưa em của ông là Chế Năng lên thay thế, trở thành chư hầu của nhà Trần.[‡ 1] [12][16][17] Chế Chí không lâu sau thì chết ở Gia Lâm và được hỏa táng.[‡ 2] Chế Năng nổi dậy, nhưng bị Trần Minh Tông đánh bại vào năm 1318 và chạy trốn ra Java.[18][12] Trần Quốc Chẩn xin nhà vua lập tù trưởng Chế A Nan làm vua chư hầu ở Chiêm, rồi đem quân trở về.[19] Sau khi quân nhà Trần rút lui, Chế A Nan tăng cường cống nạp cho nhà Nguyên, đồng thời thuyết phục vua Nguyên hỗ trợ Chiêm giành tự chủ khỏi Đại Việt. Năm 1324, Nguyên Anh Tông sai sứ sang dụ Trần Minh Tông phải tôn trọng chủ quyền của Chiêm Thành.[19] Lo sợ mất chư hầu về tay nhà Nguyên, Trần Minh Tông sai Huệ Túc vương Trần Đại Niên tấn công Chiêm lần hai năm 1326. Quân của Chế A Nan đã đánh bại được quân Trần Đại Niên. Mặc dù nhà Trần không chính thức thừa nhận, thắng lợi này đã giúp Chiêm Thành giành quyền tự trị, không còn bất cứ sự liên đới nào với Đại Việt.[20]

Vào thế kỷ thứ XIV, Đại Việt đã phải chịu một loạt suy thoái. Giai đoạn chuyển tiếp từ cuối Thời kỳ ấm Trung cổ sang Thời kỳ băng hà nhỏ đã ảnh hưởng nghiêm trọng đến khí hậu của Đồng bằng sông Hồng, gây ra hạn hán và lũ lụt thường xuyên, làm suy yếu hệ thống thủy lợi, gây thiệt hại cho sản xuất nông nghiệp, mùa màng thất bát, dẫn tới nạn đói hoành hành, cùng với dịch bệnh tràn lan, làm bần cùng hóa tầng lớp nông dân, gây ra cướp bóc và hỗn loạn khắp nơi.[21][22] Bên cạnh đó là các cuộc khởi nghĩa nông dân trong nước, những biến động xã hội và xung đột ý thức hệ giữa Phật giáo và tầng lớp văn nhân sĩ phu, tất cả đã làm suy yếu quyền lực cũng như vị thế nhà Trần.[23][24] Người Chăm, trong khi đó, dưới sự lãnh đạo của Chế A Nan đã giành lại độc lập vào năm 1326.[17][25] Nền kinh tế Chiêm Thành phục hồi, thương mại và công nghiệp phát triển mạnh mẽ trong khi các nước láng giềng như Đế quốc Khmer và Đại Việt đều suy yếu và đang phải chiến đấu chống lại các cuộc đột kích của người Thái từ phía tây.[26] Năm 1342, vua Chế A Nan mất, Trà Hòa Bố Để tự lập làm vua kế tục và sai người sang Đại Nguyên và Đại Việt báo tang. Ngay sau đó, con trai ông tên Chế Mỗ và Trà Hòa gây ra cuộc tranh ngôi trong 6 năm. Rốt cuộc, Chế Mỗ thua phải chạy sang Đại Việt nương tựa, Trà Hòa thừa thế càng vững ngôi.[27][28] Đến năm 1353, Hoàng đế Trần Dụ Tông sai quan quân hộ tống Chế Mỗ về nước, nhưng vừa đến nơi hiện nay là Cổ Lũy thì bị quân Chiêm Thành vây đánh, quân Trần chống cự không nổi phải rút lui.[29][30] Chớp thời cơ, quân Chiêm Thành liên tục tràn lên cướp phá miền Thuận Hóa, người Đại Việt ở đó phần nhiều bị bắt giết rất thê thảm. Cuối năm, vua Trần phái Trương Hán Siêu cầm quân Thần Sách vào trấn thủ Hóa Châu. Sự có mặt của Trương Hán Siêu giúp bình ổn lại địa phương và khiến quân Champa không dám tiếp tục mở các cuộc tấn công trong một thời gian. Nhưng đến cuối năm 1354 thì Trương Hán Siêu mất, nhà Trần không còn quan viên nào đủ năng lực trấn thủ biên giới nữa. Sự bất lực của nhà Trần càng tạo đà cho vua Trà Hòa củng cố tiềm lực quốc gia, tạo tiền đề cho sự cường thịnh của Chiêm Thành suốt hơn một thế kỷ sau.[12]